Q1：EMSA的实验原理是什么？

将纯化的蛋白或蛋白提取液与探针混合孵育，如果蛋白和探针结合，会形成蛋白-探针复合物。用凝胶电泳的方法分离混合液的各个组分，探针迁移速率大，会堆积在泳道下方；蛋白-探针复合物因为蛋白质的存在，迁移率增大，滞留在泳道上方。因此，根据电泳带的位置判断探针是否能和蛋白结合。

Q2：验证型EMSA、竞争型EMSA和超迁移EMSA有什么区别？

验证型EMSA用于验证探针是否含有可与蛋白质结合的位点；竞争型EMSA通过加入大量冷探针来排除假阳性、验证结合特异性；超迁移EMSA在体系中引入特异性抗体，通过与蛋白-探针复合物结合形成三聚复合物，进一步验证结合的蛋白是否是预期蛋白。

Q3：什么情况下需要用竞争型EMSA？

探针和蛋白的结合未必是特异性结合，或者蛋白本身可能含有生物素，二者均能产生假阳性的实验结果。增加一个冷探针的干扰实验（竞争型EMSA），可以排除假阳性结果，增加实验结果的准确性。

Q4：超迁移EMSA中抗体起什么作用？

超迁移EMSA利用与待检测目的蛋白特异性结合的抗体。如果蛋白质溶液不是单一的纯化蛋白，无论验证型EMSA还是竞争型EMSA，都无法证明和探针结合的蛋白质就是预期的。在实验体系中引入特异性抗体，用抗体特异性地结合蛋白-探针复合物，该三聚复合物在凝胶电泳中迁移速率再次增大，电泳带出现在蛋白-探针复合物的上方。

Q5：EMSA除了研究DNA-蛋白互作，还能用于什么？

EMSA实验多数用于验证基因的反式作用因子与顺式作用元件的互作关系，例如转录因子与启动子。这一技术目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。