EMSA全称是Electrophoretic Mobility Shift Assay，中文叫凝胶迁移实验或电泳迁移率实验，它是一种研究DNA与蛋白质或RNA与蛋白质相互作用的常用技术，可用于定性和定量分析。

这项技术是基于DNA/蛋白质或RNA/蛋白质复合物在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中有不同迁移率的原理。首先让蛋白质与末端标记的核酸探针结合，然后再跑PAGE胶，结合了蛋白质的复合物比未结合蛋白质的探针电泳的速度要慢。这样，从PAGE胶的电泳结果就可以判断，该蛋白是否和特定序列结合，或者该序列是否和蛋白结合。

EMSA的实验主要分为六个步骤：探针制备 → 预电泳 → 电泳 → 转膜 → 洗膜 → 信号检测。详细流程可以参考 EMSA实验案例，其中有文字、图片、视频的完整展示。

EMSA实验通常设置以下五组对照：

看不到迁移带是EMSA实验最常见的问题之一，通常可从以下几个方向排查：

• 标记的DNA探针量太少，或者探针有降解。
• 某些蛋白和探针的结合条件比较特殊，需要优化结合体系。
• 蛋白样本提取质量不高，蛋白降解或者提取量不足。
• 样本中没有可以与探针结合的蛋白。
• 探针与蛋白无特异性的相互作用。
• 转膜效率低，蛋白或者探针未转移到膜上。
• 曝光或者成像时间过短。

背景高会严重影响结果判读，常见原因如下：

• 蛋白的质量不高，杂质多。
• 转膜时使用了Western Blot使用的工具，没有清洗干净。
• TBE溶液中有悬浮物。
• 曝光或者成像时间过长。
• 封闭时间不足或者效率不高。
• 洗涤效果不佳。
• 实验过程中膜没有一直处于湿润状态。

Western Blot 只是反应表达分子含量，通过免疫性进行鉴定。EMSA是蛋白分子与靶序列核酸的结合量，反应的是该分子的生物学活性。

免疫性往往不能反应待测分子的生物学活性。转录因子EMSA最有说服力。

非放射性探针设计要点如下：

• 防止错位配对、封闭成环，排除目标序列以外结合位点。
• 防止产生空间位阻。
• 注意AT/GC比例。
• EMSA探针不宜太长，一般是几十碱基对。太长会产生过多结合位点导致结果分析困难，还会产生超级螺旋结构而掩盖结合部位。
• 建议采用Biotin或红外荧光标记，尽量不要采用DIG标记。探针两端都有标记以提高灵敏度。

凝胶迁移或电泳迁移率检测（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）是一种检测蛋白质和DNA序列相互结合的技术，可用于定性和定量分析；目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用，是转录因子研究的经典方法。

EMSA：用特定序列的标记探针，同待验证蛋白孵育后进行native-PAGE凝胶电泳，如果存在同探针结合的蛋白，则会出现电泳迁移率明显低于自由探针的条带。

DNA pull-down：将探针结合在凝胶/磁珠上，以此收集同该DNA探针发生互作的蛋白。

ChIP实验：所检测的DNA-蛋白互作则发生在活组织细胞内。