CpG岛分析工具-钟鼎生物

CpG岛分析工具(CpG Islands)

CpG岛分析工具用于分析CpG岛的潜在区域，分析算法请参考文献Gardiner-Garden and Frommer (1987)。算法采用大小为200bp、步长为1的滑动窗口进行计算。CpG岛是Obs/Exp值大于60%，GC含量大于50%的一段序列。期望值(Exp)=‘C’的出现次数 * ‘G’的出现次数 / 滑动窗口大小。CpG岛一般出现在脊椎动物基因的5'端，所以此工具可以在基因组中标记出潜在基因。

输入一条原始序列或者一到多条FASTA格式序列，长度限定在100000以内

taacatacttattgtttttaactactcgttttccattcgactcatcacgctccccccccc
cccccccccccttatccgttccgttcgacgtatttcgttgtctaatttctgacgtaactt
gttccctgttaagtaccgtttatggcctatactccggtatttaaaacgacgacgattcca
ccgtaaagccgtcaaccagatgaacgacctcgctcgttatatttttccggcaaaatccct
atttccgattcgcttagtgctaccgacgctatatcgttccgcaattcctcgagatcatcg
atttcttctccggcgacgtctcaagtttttccgttacaacgcgatctatcctgtaaattc
gaccgcgctcattctcacgttttatacattgcgcagttgattacgctaaataatccgctg
actgttaccttccctgttagattcgcgcattataaactacttactttaacaaacgatttt
cacagtttaatttctgcgatgacgtctaactcttcagttttaaccgataacaaccttctc
gacacttcgtttcttataccatcctcgttatccatacccattcttaaatttctcactact
attctctttacaaccacattagctctaatcttacatctaatttctatacataaaatgctc
cttctgctgtatgtttctctttctcataattacatttttaattactaaatccctcatccc
tcccacccatctattccaccatcaaggttatacaccatgtattactgtaaaacccactaa
tattaattgtcaccgatattaaacgaaattcattcacacaaatttcattaattacctttt
cttattaattgcatatgtactctacatatactcaaccaactaaaaatcgatattttacat
ttgatttctaatgtaccccacaactttcttgctttatgattgaacttagctttataataa
tagttatttaccctaacgcatatactcttatccttatatgaaccttgcttatttgttaga
tttatccaatctaaaccacagataatatcccttctcttacttcattttattatcaccatt
ttcacttcttcctagatatatacaattatataactctattaccacattttcccttaactt
tctgttctgcactattatatttactctttttctaaaaccttcttaactttttcagatgca

* 此工具需要浏览器支持JavaScript. 详情请见浏览器兼容性介绍.

* 您可以镜像此工具到自己的网站 or也可以单机使用