传统的酵母双杂交只能检测发生在核内的蛋白相互作用,无法检测胞膜蛋白质间相互作用,钟鼎生物基于酵母分裂泛素化蛋白互作检测系统(Mating Based Split-ubiquitin Assay, mbSUS)特推出膜体系酵母双杂交文库构建,突破传统酵母双杂交技术的局限,欢迎咨询。
膜体系酵母双杂交原理
泛素,是一个由76个氨基酸残基组成的蛋白,可以介导蛋白酶体对目标蛋白质的泛素化降解,在膜系统酵母双杂交体系中,将泛素拆分为两个结构域,即C端的Cub和N端的NbuG,分别与诱饵蛋白Bait和猎物蛋白Prey进行融合表达,同时 Cub还融合表达了转录因子,如果Bait和Prey蛋白能结合,就会带动Cub和NbuG在空间上靠近。形成完整的泛素,进而被蛋白酶体所识别,融合表达的转录因子被切割下来,并进入细胞核内,启动报告基因的表达,最终通过酵母生长与否,即可判断Bait和Prey蛋白之间是否存在相互作用.
视频讲解
膜体系载体选择
膜体系酵母双杂选择载体是根据诱饵蛋白质定位的不同来选择,有利于互作蛋白相连的泛素NubG和Cub相互作用,被UBPs识别,从而启动下游报告基因表达。根据下图,我们直观的了解一下不同情况下适合使用的载体。
建库服务大纲
膜体系Gateway建库服务(28S:18S是示例) | |||
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实验阶段 | 质控标准 | 周期(工作日) | |
Total RNA抽提 | 300-500ug,28S:18S=2:1,0D260:280 (1.9-2.1)0D260:230(1.9-2.1) | 3-5 | |
mRNA富集 | mRNA电泳条带是弥散且主带分布在 1Kb-2Kb,mRNA总量>4ug | 1-2 | |
反转录一链二链合成 | 二链呈弥散状均与分布,二链纯化后总量>4ug | 1-2 | |
加三框接头胶回收 | 胶回收后纯化总量>300ng | 1-2 | |
膜体系初级重组+电转+ 膜体系初级文库抽提+测序及分析 | 插入片段大小平均>1Kb、鉴定阳性率>90%、 库容>1.0*107、文库质粒>200ug | 5-7 | |
膜体系次级重组+电转+ 膜体系次级文库抽提+测序及分析 | 插入片段大小平均>1Kb、鉴定阳性率>90%、 库容>1.0*107、文库质粒>200ug | 5-7 |
膜体系Gateway建库服务样品标准 | |||||
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样本类型 | 总量 | 完整度/新鲜度 | 0D260:280 | 0D260:230 | 运输/储存 |
Total RNA | 300-500ug | 28S:18S=2:1 | 1.9-2.1 | 1.9-2.1 | 干冰/-80℃ |
拟南芥 | >4g | 新鲜冻存 | 干冰/-80℃ | ||
动物组织 | >1g | 新鲜冻存 | 干冰/-80℃ | ||
细胞 | >1.0*108 | 去除培养液加上裂解液/新鲜冻存 | 干冰/-80℃ | ||
种子 | >8g | 新鲜冻存 | 干冰/-80℃ | ||
烟草 | >4g | 新鲜冻存 | 干冰/-80℃ | ||
根茎 | >8g | 新鲜冻存 | 干冰/-80℃ | ||
水稻叶片 | >4g | 新鲜冻存 | 干冰/-80℃ |
筛库服务大纲
膜体系双杂筛库 | |||
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实验阶段 | 质控标准 | 周期(工作日) | |
诱饵质粒的合成及扩增 | 诱饵质粒 | 15-20 | |
自激活检测及毒性检测+功能验证 | 自激活检测图片+功能验证图片 | 5-7 | |
自激活抑制(如没有自激活,跳过这个步骤) | 自激活抑制图片(45mM3-AT浓度不能抑制实验结束) | 5-7 | |
初筛 | 初筛图片 | 5-7 | |
复筛 | 复筛图片 | 2-4 | |
阳性克隆测序 | 测序及分析结果+阳性克隆菌液 | 2-4 | |
一对一验证(点对点) | 验证图片+验证的AD质粒 | 5-7 | |
点板验证 | 验证图片 | 3-4 | |
项目结束 | 项目报告 | 1-2 | |
功能验证通过证明该诱饵适用于膜体系双杂筛库系统,功能验证没有通过实验结束。 |
案例展示
1. 诱饵验证
为避免因序列差异造成对后期实验结果的影响,需要对客户提供的原始克隆pBT3-N-xxxx进行测序和比对分析。
结论1:诱饵克隆xxxx序列正确,可继续进行后续实验。
2. xxxx诱饵基因毒性、自激活检测和功能验证
(1)pBT3-N-xxxx毒性检测结果:
结论2:Bait质粒pBT3-N-xxxx转入NMY51后,菌落生长情况同pBT3-N空载转化酵母后的一致,表明Bait质粒对酵母细胞无毒性。
(2)阳性对照:
(3)阴性对照:
(4)自激活检测结果:
结论3:pTSU2-APP Control Vector和pNub G-Fe65 Control Vector于DDO、TDO、QDO培养基中都有克隆生长,阳性对照实验成功。pTSU2-APP Control Vector和pPR3-N Control Vector于DDO培养基上生长但在TDO和QDO培养基上无克隆生长,阴性对照实验成功。BD基因pBT3-N-xxxx+ pPR3-N在DDO上生长,说明pBT3-N-xxxx质粒成功转入酵母菌株中,在TDO有轻微生长QDO培养基上不生长,说明pBT3-N-xxxx在NMY51酵母菌株中有轻微激活活性,可以进行后续筛选。
(5)功能验证结果:
结论4:将pOST1-NubI和pBT3-N-xxxx质粒共转化NMY51,涂布平板DDO、TDO和QDO,结果DDO有菌落生长,说明共转化成功;涂布平板TDO和QDO均有菌落生长,说明bait质粒能够适应ubiquitin系统,功能验证通过,可以进行下一步验证实验。
3. 文库筛选
(1)初筛:
结论5:初筛结果统计,使用TDO平板进行筛选,初筛筛选到48个克隆。
4. 二次筛选
为了去除假阳性将初筛平板上的克隆,将初筛平板上生长的48个克隆,全部点到QDO/X-gal平板。
结论6:复筛由图得知:二次筛选后的克隆均变蓝,所以得到48个阳性克隆。
5. 阳性克隆鉴定
将二次筛选平板上生长显蓝斑的48个阳性克隆进行菌落PCR测序,得到26个测序结果见附件二,进行NCBI比对的分析结果见附件三。
6. 第六部分阳性分离和质粒提取
7. 回转验证(部分图片)
结论7:本次筛选初筛筛选到48个克隆,经过二次筛选得到29个阳性克隆,将29个阳性克隆全部分离AD质粒进行回转验证,其中3号克隆活化失败,取消实验,其余28个质粒提取成功。28个质粒测序结果分析后发现6号、30号与阳性克隆测序结果不一致,以质粒测序结果为准。去除重复本次筛选共得到26个阳性基因。
8. 点板验证
挑取感兴趣的蛋白在DDO和QDO/A/X平板上进行稀释点板,(可依据文章需求,进行个性化展示)结果如下:
结论8:点板验证和回转验证结果一致。。
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