RNA体外转录常见问题

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1.什么是体外转录?

在讨论体外转录之前,首先需要了解转录,转录想必大家已经很熟悉了,在细胞体内以DNA为模板,在RNA聚合酶的催化下合成RNA的过程就叫做转录。那么顾名思义,“体外转录”则是脱离细胞系统,在体外以DNA为模板,以A/G/C/U四种核糖核苷酸为原料,在适当的缓冲液体系中,模仿体内的反应过程,通过RNA聚合酶的催化反应生成RNA的过程。

体外转录原理图

2.RNA合成产量低或反应失败是什么原因?

(1)可能因为DNA模板中的污染物抑制了RNA聚合酶,T7 RNA聚合酶对盐离子抑制极为敏感,建议对DNA模板重新纯化
(2)模板浓度过低或存在RNase酶污染也会导致反应失败。我们建议在反应中添加终浓度为1unit/ul的RNase抑制剂
(3)在体系中添加5mM DTT(终浓度)也可能有助于提高RNA产量。

3.RNA聚合酶如何选择?

种类 特点 使用场景
大肠杆菌来源的体外转录系统 转录效率低,特异性差 较少使用
Hela细胞核提取物来源的体外转录系统 使用RNA聚合酶Ⅱ启动转录 用于体外转录机制和转录调控机制研究
噬菌体来源的体外转录系统 RNA聚合酶有T7、T3、SP6,特异性高,转录快速,RNA产量高 使用场景广泛,如RNA探针合成、dsRNA合成等

4.T7 RNA聚合酶如何提高RNA的产量?

通过提高NTP浓度,DNA 模板的量和T7 RNA聚合酶的量,可以获得更高的RNA产量。

5.使用T7 RNA聚合酶会产生异常RNA吗?

使用限制性内切酶线性化质粒模板时,目标序列下游产生3’突出端时,会产生异常的RNA。为避免这种情况,应使用产生平末端或5’突出端的限制性内切酶。

6.T7 RNA聚合酶是否可用于非线性化质粒?

可以,但是T7 RNA聚合酶将绕环状模板周围多次转录而不会解离。

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