本文介绍了端粒长度检测的方法,包括端粒长度的测定的所需仪器及试剂,和实验步骤。
一、试剂耗材
试剂耗材 | ||
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琼脂糖 | 5×loading buffer | DIG-labeled molecular marker |
DIG Easy Hyb | Telomere probe | Hinf I 与 Rsa I |
Antibody Solution | 脱嘌呤液 | 变性液 |
中和液 | 20×SSC | 2×SSC |
低严谨性洗脱液(洗膜液I) | 高严谨性洗脱液(洗膜液II) | 马来酸缓冲液 |
Washing Buffer | Blocking Solution | Detection Buffer |
带正电荷的尼龙膜 | 双圈定性滤纸 | 普通滤纸 |
平板纸 | 塑料托盘 | 玻璃棒 |
二、仪器
仪器 | ||
---|---|---|
电泳槽 | 全温培养摇床 | 切纸机 |
移液器 | 自封袋 | 封口机 |
水浴锅 | 台式微量高速离心机 | 移液器 |
100孔离心管盒 | X射线摄影暗匣 |
三、实验材料
以人类基因组DNA和对照DNA为例
限制酶:Hinf I和 Rsa I
四、实验方法
1.基因组酶切
①样品准备:取人类基因组DNA17μL,加入2μL酶切缓冲液(10X)、0.5μL Hinf I和0.5μL Rsa I,总体系20μL
取对照DNA15μL,加入2μL无核酶水,然后加入2μL酶切缓冲液(10X)、0.5μL Hinf I和0.5μL Rsa I,总体系20μL DIG 标记marker:marker 4μL+4μL 5×loading buffer +12μL无核酶水。
②.37℃水浴2h,分别加入5μL 5×loading buffer 终止反应。
③.电泳准备:配制1×TAE缓冲液;配制0.8%的琼脂糖凝胶。
④.电泳:将样品点入相应泳道,70V电泳3h。
2.变性
①.将100孔离心管盒的底座(下简称为盒)、玻璃棒、塑料托盘清洗干净,纯水冲洗,倒置晾干。
②.终止电泳,小心将凝胶取出,置于盒中,加入约150 ml的脱嘌呤液,放入37 °C摇床中,40 rpm, 10 min。
③.倒掉脱嘌呤液,100ml ddH2O冲洗2遍。
④.加入约150mL变性液,放入37℃摇床中,40rpm,15min。
⑤.倒掉变性液,重复步骤。
⑥.倒掉变性液,100ml ddH2O冲洗2遍。
⑦.加入约150mL中和液,放入37℃摇床中,40rpm,15min。
⑧.倒掉中和液,重复步骤。
⑨.倒掉中和液,加入约150mL 20×SSC,浸泡10min。
3.转膜
①.用切纸机将尼龙膜及双圈定性滤纸切成100×100mm;将普通滤纸切成130×260mm,将平板纸大致切割成150mm×115mm。
②.盒子倒扣于塑料托盘中,将130×260mm滤纸置于盒上,倒入少量20×SSC浸湿滤纸,小心用玻璃棒
③.小心将浸泡过的凝胶置于滤纸上,用玻璃棒赶走多余气泡。
④.将尼龙膜直接置于凝胶上,用玻璃棒赶走多余气泡。
⑤.用废旧的胶片封好四周,注意不要压住核酸区域。
⑥.将一摞(约18cm)平板纸置于滤纸上,小心盖上一本说明书。
⑦.在托盘中加入约500ml 20×SSC,过夜静置、转膜。
⑧.次日早晨,丢弃底部潮湿的平板纸,更换为新的平板纸,继续转膜2-3h。
4.固定
①.取走上层的重物、平板纸、废旧胶片及滤纸,小心用铅笔在尼龙膜上的右下角做好标记,用镊子夹住尼龙膜的一角,核酸面向上将其放入盛有约100ml 2×SSC的溶液中,浸泡10min,去除多余盐分。
②.用酒精棉球擦拭凝胶成像仪的玻璃板,并自然风干。
③.将尼龙膜的核酸面向下,置于凝胶成像仪中,打开紫外灯,紫外照射固定15min,固定结束。
5.预杂交
①.取10ml DIG Easy Hyb,37℃预热。
②.固定好的尼龙膜,核酸面向上置于自封袋中,将预热好的DIG Easy Hyb倒入自封袋中,赶走气泡封口,置于37℃摇床中,核酸面向上,40rpm反应3h。
6.杂交
①.吸取适量的探针(使探针终浓度约25ng/ml)置于50μL PCR管中,100℃沸水反应5min。
②.迅速置于冰上冷却3min,瞬离。将探针加入预热的10ml的预杂交液中。
③.打开自封袋取出膜,放到新的自封袋中,迅速加入杂交液,赶走气泡封口,置于37℃摇床中,核酸面向上,40rpm反应过夜。
7.化学发光
①.在100孔离心管盒的底座(下简称为盒)中倒入200ml 37℃预热的低严谨性洗脱液,取出尼龙膜,核酸面向上,置于37℃摇床中,核酸面向上,40rpm反应5min。
②.尽弃低严谨性洗脱液,再加入200ml 37℃预热的低严谨性洗脱液,核酸面向上,置于37℃摇床中,核酸面向上,40rpm反应5min。
③.尽弃洗脱液,加入200ml 65℃预热的高严谨性洗脱液,核酸面向上,置于65℃摇床中,核酸面向上,40rpm反应5min。
④.将尼龙膜放入有100ml Washing Buffer的盒中,置于37℃摇床中,核酸面向上,40rpm 反应5min。
⑤.倒掉Washing Buffer,加入100ml Blocking Buffer,置于37℃摇床中,核酸面向上,40rpm反应1h。
⑥.倒掉Blocking Buffer,加入20ml Antibody Solution,置于37℃摇床中,核酸面向上,40rpm反应30min。
⑦.倒掉Antibody Solution,加入100ml Washing Buffer,置于37℃摇床中,核酸面向上,40rpm反应15min。
⑧.倒掉Washing Buffer,加入100ml Detection Buffer,置于37℃摇床中,核酸面向上,40rpm反应5min。⑨.尼龙膜核酸面向上置于保鲜膜上,均匀滴加1ml CSPD,迅速覆盖上保鲜膜,室温反应5min(注意不要让膜干掉)
⑩压片1h,显影、定影、记录结果,根据信号强度,调整压片时间,直到获得满意的曝光结果。
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