实验报告

摘要

通过DNA测序对微生物进行物种鉴定（菌种鉴定）是比传统生化鉴定更先进的鉴定方法。DNA测序不依赖菌种本身特点，对所有菌种均可使用。比传统生化鉴定更加快速，准确。钟鼎生物技术公司提供的微生物物种鉴定服务包括细菌16 srDNA鉴定和真菌26 srDNA鉴定、真菌ITS鉴定，通过PCR扩增16 SrDNA或26 SrDNA片段，测序后在GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种菌种。

1 试剂和耗材

名称	公司	货号	名称	公司	货号
1例斜面菌、2×Taq PCR MasterMix	南京钟鼎生物技术有限公司	PC16-1	DL2000 DNA Plus Marker（100、250、500、750、1000、1500、2000 bp）	南京诺唯赞生物技术有限公司	MD101
Agarose	西班牙Biowest公司	91622	枪头、胶回收试剂盒	美国Axygen公司	AP-GX-50
名称：引物 公司：滁州通用生物

 

2 主要实验仪器

仪器名称	公司	仪器名称	公司
基因扩增梯度PCR仪	杭州博日	台式高速冷冻离心机	美国BECKMAN公司
泳仪：JY-600型、电泳槽：JY-SP-B型、凝胶紫外分析仪：JY02S型	北京君意东方电泳设备有限公司	恒温水浴锅	美国Amersham Pharmacia公司
移液器		德国Eppendorf公司

 

3 实验方法及结果

3.1 引物信息

3.2 PCR反应体系

以客户提供的菌为模板，PCR扩增ITS。

引物扩增条件的设置：94℃ 5 min；94℃ 30 s，58℃ 30 s，72℃ 30 s循环35次；72℃ 10 min。产物进行琼脂糖凝胶电泳，如下：

胶回收PCR产物，送测序公司测序。

3.3 测序比对

样品：

Query 9 GGTG-ACCTGCGGAGGGATCATTACACAATAAAATACGAAGGCCGTTCGCGGCTGGACTA 67
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Sbjct 7 GGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAATAAAATACGAAGGCCGTTCGCGGCTGGACTA 66
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Query 548 TTAAGCATATCAA 560
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Sbjct 547 TTAAGCATATCAA 559

3.4 实验结论

3.4.1 经过NCBI数据库比对：

 

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