钟鼎生物技术公司基于与客户合作的实际案例,介绍了RT-PCR的实验流程,包括RT-PCR实验所需试剂耗材、RNA提取、RNA反转录为cDNA。
实验摘要
使用TRIzol提取样品总RNA,反转录获得cDNA,供下游实验使用。
1.试剂与耗材
试剂与耗材 | |
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Prime Script II 1st Strand cDNA Synthesis Kit,宝生物工程(大连)有限公司,6210B; | 总RNA提取试剂TRIzol,南京钟鼎生物技术有限公司,RK01-100; |
DL2000 DNA Plus Marker(100、250、500、750、1000、1500、2000 bp),南京诺唯赞生物技术有限公司,MD101。 | GelStain,北京全式金生物技术有限公司,GS101-01; |
DEPC,Sigma公司,D5758-25ML; | Agarose,西班牙Biowest,91622; |
离心管,美国Axygen,311-01-051; | 枪头,美国Axygen; |
其它试剂均为国产分析纯。 |
2.主要实验仪器
主要实验仪器 | |
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超微量紫外分光光度计:NanoDrop2000,Thermo公司; | 台式高速冷冻离心机,美国BECKMAN公司,Allegra 21R; |
电子天平,美国AHOMS公司,AR5120; | 紫外透射仪,美国Amersham Pharmacia公司,Hofer MV-25; |
电泳仪:TY2795型,BIO-RAD公司; | 电泳槽:Sub-Cell GT Cell,BIO-RAD公司; |
凝胶成像分析系统:GelDocXR型,BIO-RAD公司; | 雪花状制冰机,日本SANYO公司,SIM-F140AY65; |
移液器,德国Eppendorf公司。 |
3.实验方法及结果
3.1.RNA提取
(1)组织匀浆:向样品中加入1 ml TRIzol试剂(组织块体积不要超过TRIzol体积的10%),用移液器反复吹打。
(2)将上述匀浆液室温放置5 min,待核酸和蛋白充分解离。每1 ml TRIzol试剂用量的匀浆液中加入0.2 ml氯仿,盖紧管盖,手动剧烈震摇15 s,然后室温静置2~3 min。
(3)4℃ 10,000 g,离心10 min。
(4)小心吸取上层水相(无色)加入到新试管中,同时计算所吸取的水相体积。
(5)加入所吸取水相等体积预冷的异丙醇,盖紧管盖,轻轻摇匀。
(6)室温静置10 min,待RNA充分沉淀。
(7)4℃ 10,000 g离心10 min。
(8)将上清弃除(注意别丢弃沉淀),每管加入1 ml 75%乙醇润洗,盖紧管盖,轻轻晃动离心管,以去除残留的异丙醇和盐份。4℃ 7,500 g离心5 min。
(9)将上清弃除,打开管盖,将RNA 沉淀干燥(室温挥发或真空干燥)。注意RNA沉淀不可完全干燥,否则难以溶解。
(10)将RNA沉淀溶解于适量的无RNase水中。
3.2.RNA琼脂糖凝胶电泳分析
提取好的RNA进行琼脂糖凝胶电泳,电泳图如下所示:
3.3.RNA浓度及纯度测定
3.4.RNA反转录为cDNA
3.4.1.基因组DNA去除
采用钟鼎公司的DNase I,在RNase free的离心管中配制如下混合液:
3.4.2.反转录反应
在PCR管中配制下列反应混合液:
65℃反应5 min,冰浴冷却。
在第一步的反应管中配制下列反转录反应液:
反转录反应条件的设置:30℃ 10 min,42℃ 30 min,95℃ 5 min。冰浴冷却。产物至于-20℃冰箱保存。
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