1.原理
植物细胞中的RNA包括rRNA、tRNA和mRNA. rRNA是含量最丰富的,占植物总RNA 量的70%, tRNA在细胞中的含量也比较丰富,占15%。mRNA的含量较低。其大小、序列各异,长度从几百bp到几千bp不等,是基因转录、加工后的产物,反应了植物组织在某一时间点上的基因转录情况。纯化完整的RNA是进行基因表达研究和从cDNA文库克隆新基因的基础。
因为核糖残基在2'和3'位带有羟基,所以RNA比DNA的化学性质更活泼,易于被RNA 酶所降解。RNA酶是一种耐受性很强的酶,可抵抗长时间煮沸和温和变性剂,也不会被溶液中的金属螯合剂所失活。裂解后的植物细胞会释放出RNA酶。人的皮肤也含有大量RNA酶。实验中使用的玻璃器皿、缓冲液,甚至操作台面和浮尘中都可能含有RNA酶。目前尚无使RNA酶失活的简易办法。所以.实验的每一步操作都应注意避免被RNA酶所污染。
2.仪器设备
①灭菌锅,②通风橱,③冷冻离心机,④1.5mL离心管 ⑤恒温水浴,
⑥微量进样器及一次性枪头 ⑦烘箱 ⑧分析天平 ⑨pH计,⑩一次性手套,预冷的研钵
试剂
(1).双蒸水
(2).液氮
(3).1 mol·L-1 NaAc
(4).提取缓冲液:50 mmol·L-1 Tris-HCl,pH 8.0,含10 mmol·L-1 EDTA、0.5%SDS 100 mmol·L-1 NaCl、4 mol·L-1异硫氰酸胍、100 mmol·L-1 β-巯基乙醇(用前加入)
(5).水饱和酚:氯仿:异戊醇=24:24:1(现用现配),pH 8.0
(6).氯仿:异戊醇=24:1
(7).无水乙醇、95%乙醇、70%乙醇
(8).1:500(体积比)DEPC(焦碳酸二乙酯)
溶液3和7配制时需加入1:500(体积比)DEPC后定容,在通风橱中放置2h,高压灭菌30min。用同样方法处理一定量双蒸水,用于清洗。含Tris的缓冲液用灭菌的双蒸水配制。
3.材料
小麦幼苗
4.方法步骤
(1).实验准备:将所有玻璃器皿于180 ℃下干烤4 h;所有离心管、枪头用0.1% DEPC(焦碳酸二乙酯)浸泡2 h,再用灭菌的双蒸水(SDW)冲洗,最后高压灭菌30 mim。
(2).将新鲜小麦幼苗置研钵中,加入液氮研成细粉。加提取缓冲液浸提5 min。每1.5 mL 离心管的适宜用量为0.2 g材料,1.2 mL提取缓冲液。
(3).12000g,4℃离心15 min(以下离心操作均同此步)。
(4).加入1×体积的酚/氯仿/异戊醇振荡萃取,离心。
(5).取上清液,用1×体积的氯仿/异戊醇重复萃取、离心一次。如两相界面上仍有蛋白等杂质,则重复此步骤,直至界面清晰为止。
(6).用加样枪吸取上清转移至另一离心管中,同时量取体积。加1mol/L-1NaAc至终浓度为0.14 mmol•L-1。混匀,加0.7×体积无水乙醇,4℃放置,可见白色RNA絮状沉淀。
(7).离心,用70%乙醇洗沉淀几次,每管用30〜50μL双蒸水重悬浮沉淀用于检测。
5.注意事项
(1).人的唾液、汗液、皮肤表面有RNA酶.实验过程中要使用一次性手套。
(2).使用DEPC时必须戴口罩、手套,并在通风橱内进行.严禁DEPC接触皮肤。
(3).如果提取出的RNA经检测有DNA污染,可以加入DNA酶进行处理。
(4).本方法仅适用于幼嫩植物组织,不适用于淀粉含量高或次生物质含量高的植物材料。
在提取总RNA实验中要想获得高质量完整的RNA,除了要防止RNA酶的污染,还是有不少技巧在里面,这边可以参考一篇《提取高质量RNA的技巧》。