高质量RNA提取的技巧与心得

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  众所周知,RNA提取过程中最重要的注意事项是防止RNA酶的污染导致实验失败,除此之外,本文将会整理一些实验技巧供大家参考,帮助大家提取更高质量的RNA。

rna提取卡通图

(1)皮肤携带的细菌霉菌等微生物及人体自然脱落下来的皮屑,都可能成为RNA酶的来源,从而影响RNA的提取。因此要培养良好的无菌操作习惯,预防微生物污染。
  使用灭菌的一次性的塑料器皿提取RNA,避免使用公共仪器(公共仪器或多或少都会含有RNA酶,特别是在进行DNA操作时有时要加入RNA酶), 消化DNA样品中所含的RNA。用过RNA探针的实验室,可能用RNA酶来降低滤纸上的背景,因而某些非一次性的公共实验用具可能富含RNA酶。

(2)操作时勤换手套,戴手套口罩,冰上操作,动作迅速。最关键的一步也是决定RNA质量的一步是:加氯仿离心后,出现分层,RNA在上清中,中间是DNA,下面是蛋白。这里一旦不留意,中间的DNA就会混入,从而影响RNA质量。
  乙醇清洗后,务必完全去除乙醇(至无乙醇味),否则会影响电泳时上样。异丙醇-20℃沉淀 RNA 30 min以上。这里要提一个小技巧,就是在加入氯仿离心后,一般上清液的量约占总体积的50%。为了提髙RNA的质与量,离心后不要马上吸取含有RNA的上清液,而是移取中层的DNA和下层的蛋白。余下的下层油相(10%~15%),经短暂高速离心之后再吸取上清含有RNA的水相。因为当下层油相占很少体积时,上下层的界面所占的体积少,不会造成水相太多的浪费,吸入中间蛋白相和下层油相的可能性也会很小。其实这一技巧可用于所有的分层液相的实验,如酚抽提DNA的实验,回收胶中DNA的实验。

rna提取

(3)在提取细胞样品的时候,不能在细胞离心后马上加入Trizol试剂。因为成团的细胞加入Trizol试剂后,外围细胞先期施放出的大分子DNA,聚积成团,干扰成团里层细胞的裂解,即使用加样枪或针头反复吸取,也无法彻底打断已经成团的DNA。
  如果提取样品来自培养的贴壁细胞,吸取培养基后用PBS洗涤细胞两次,直接加入Trizol试剂; 如果提取样品来自培养的悬浮细胞,连培养基一起吸取离心,用PBS洗涤细胞两次,最后加入5%~10%的PBS重悬细胞沉淀,等到重悬完全后再加入Trizol试剂。
  在提取组织样品时,就得充分研磨组织,等组织块成为粉末后再加入Trizol试剂。常用的研磨方法是液氮研磨法。因为液氮变为气体时要吸收大量的热,使组织块瞬间冷冻。但如果冷冻不透,液氮研磨材料时,会得到干渣并黏在研钵内壁,而不是干粉,无论是产量还是质量都次之。因此,这一过程中有三个关键步骤:
①研磨器皿高压灭菌烘干水汽后,-80℃放置过夜,预冷冻;
②组织块的表面积尽可能大,切不可成球状,一旦用力研磨,球状的组织块极易飞出研钵;
③加人足量的液氮让组织块完全冻透,一次将组织块研磨好。在没有冻透之前千万不能研磨,如一次没有研磨好,下一次研磨的效果就差,且第二次加入的液氮会将前一次所产生的干粉带出研钵,使其飞溅在研钵的四周。这一技巧同样可用于分离提取组织块的DNA或蛋白质。

rna提取卡通图

(4)使用Trizol试剂时,其中的一种成分能抑制RNA酶,所有RNA样品泡在Trizol试剂中是不可能被RNA酶消化的。但是,对样品的后续操作会要求用无RNA酶的玻璃器皿或塑料器皿。玻璃器皿可以在150℃的烘箱中烘烤4h。塑料器皿可以在0.5mol/L 的NaOH中浸泡10 min,用水彻底漂洗干净后高压灭菌备用。

(5)用0.01%的DEPC或Erasol水溶解RNA时,原则上是要根据沉淀的多少加入相应的体积,考虑到新手一开始经验不足,可以少加,浓度大可以再稀释。
  提取完RNA后跑电泳检查有无DNA污染和RNA降解,然后-80℃保存。实验后要注意:超净台需用70%乙醇擦拭,再用 DEPC或Erasol除去空气中的RNase,提取RNA所需的Tip和EP管要提前用0.1%的DEPC或Erasol水处理以除去RNase,DEPC处理还需高压。其实RNA贮存在70%的乙醇中,远远要比贮存于DEPC水中稳定,在-80℃可保存数年,有些甚至10多年后还可以用。有两种操作方式:
①乙醇或异丙醇沉淀后如不马上要用,直接换成70%乙醇,-80℃保存,用时再来分析RNA的质量和数量;
②常规的处理后,了解RNA的质和量,再加入3倍体积的无水乙醇,再-80℃保存。
  当然,这两种贮存方式都要在RNA不是马上要用的前提下进行。如果提取的RNA比较多,可以先留取一部分样品进行马上进行的实验,另一部分贮存于70%乙醇,以备后用。

(6)Trizol试剂提取RNA所用到的一次性试管要确保没有破损,能够耐受12000g的离心力。
  实验用水相当重要,必须用DEPC处理过的无RNase水。配制过程是在去离子水中加入0.1%的DEPC,摇过夜之后,高压分解残留DEPC。。提取时,所有与Trizol试剂有过接触的器皿都要泡存水中,吸取出来的Trizol试剂也要直接加入含有大量水的玻璃杯中。

(7)Trizol提取RNA时要注意戴手套和护眼罩,因为Trizol试剂含有酚等有机溶剂。操作要在通风橱完成,避免人呼吸道吸入。同时温度应该控制在15-30℃。

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