启动子区域按功能分成两大块，分别为“开关”——核心启动子元件；“调节器”——上游调控元件。

核心启动子元件包括转录起始点和TATA-BOX，主要作为RNA聚合酶结合并起始转录的位点。这段启动子序列能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性。

上游调控元件包含一系列的顺式作用元件，通过与反式作用因子结合改变转录效率，简单来说：启动子本身不能直接控制基因的表达水平，而是通过转录因子（Transcription factors，TF）蛋白质结合启动子上的不同的顺式作用元件，从而达到调控转录效率的目的。

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