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在基因转录调控研究的过程中,可以简化为转录因子蛋白 TF 与 DNA 序列的结合问题。

为了解锁上述奥义,经典的技术 Chip-seq 应运而生。但是在植物 科学领域,Chip 级别的抗体难以获得,遗传转化材料的获取周期较长, 阻碍了研究进程。随着生物技术的创新发展,特别是高通量测序技术的日益成熟, 近几年涌现出 Dap-seq,Cut&tag,ATAC-seq 等一系列新的技术手段, 转录因子蛋白与 DNA 结合的面纱被一层层解开。转录因子蛋白捕获结合的 DNA 片段,通过高通量测序获得 peak 序列。结合基因组序列信息及注释信息,经由 MEME 解析,可以获 取与转录因子特异性结合的 motif sequence.

随着研究的深入,新的问题随之而来,如何才能用实验的手段, 证明转录因子的精准结合 motif 序列?



Motif 文库筛选策略——精准定义转录因子结合 DNA 基序!


motif文库筛选策略

一、Motif 文库筛选原理

Motif 文库是基于酵母单杂的实验原理逆向开发的一种实验策略。 首先简单介绍酵母单杂交的原理:利用启动子中 DNA 序列能够特异 性结合转录因子蛋白(TF)的这一特性。以 DNA 序列为诱饵,从酵 母文库中筛选猎物蛋白(TF),只有当 TF 与 DNA 序列特异性结合, 启动下游报告基因。

motif文库筛选原理

Motif 文库的工作原理是诱饵与猎物角色互换,以转录因子蛋白 (TF)为诱饵,只有当 TF 与 Motif 文库中特定 DNA 序列相结合时, 启动下游报告基因,从而得到与 TF 结合的 Motif 序列。


motif文库工作原理视频解析


二、TF锁定靶基因流程示意

TF锁定靶基因流程示意

三、Motif 文库使用说明

选用 8N 随机引物建库,插入到 pHis2 质粒的 MCS 区域(替换 sma I 位点,替换形式如下图所示),理论的库容量为 1X48,含有 65536 条 motif 序列。

motif文库说明

Motif- Logo

motif文库说明

四、Motif 文库申请流程

钟鼎生物已经构建了8N-motif文库,无需耗费人力物力来重复构建。我们可以“免费”提供给您使用。

motif文库申请流程

五、配套的质粒&菌株

产品名称 交付标准 数目 储存条件
Y187 Yeast Strain 50 µl 1 -80℃
pGADT7 Vector 2 µg 1 -20℃
p53HIS2Vector 2 µg 1 -20℃
pHIS2-Motif(8N) 5 µg 1 -20℃
pHIS2 Vector 2 µg 1 -20℃
pGAD-Rec2-53 Vector 2 µg 1 -20℃

六、关于Motif 文库筛选

motif文库常见问题解析 motif文库筛选实验流程

七、Motif 文库相关服务

基因功能研究整体解决方案 DAP-seq 酵母单杂交技术 EMSA