凝胶迁移或电泳迁移率检测（EMSA）

一种基于DNA结合蛋白和靶标DNA结合的原理，研究蛋白和DNA的互做关系的实验，可用于定性和定量分析。EMSA实验多数用于验证基因的反式作用因子与顺式作用元件的互做关系，例如转录因子与启动子。这一技术目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。

实验原理

将纯化的蛋白或蛋白提取液与探针混合孵育，如果蛋白和探针结合，会形成蛋白-探针复合物。用凝胶电泳的方法分离混合液的各个组分，探针迁移速率大，会堆积在泳道下方；蛋白-探针复合物因为蛋白质的存在，迁移率增大，滞留在泳道上方。因此，根据电泳带的位置判断探针是否能和蛋白结合。

EMSA实验根据实验方案设计的不同，分为验证型EMSA、竞争型EMSA、超迁移EMSA。

验证型EMSA

用于验证探针是否含有可与蛋白质结合的位点。
探针与纯化蛋白混合孵育，探针与蛋白结合与否，可以直接表明探针和蛋白的互做关系。蛋白提取液中蛋白质混杂，种类不单一，探针可能与多种蛋白结合。因此，探针与蛋白提取液混合孵育，可以验证探针上是否含有蛋白结合位点，但是无法得知是何种蛋白与探针结合。

竞争型EMSA

与探针序列相同，不含修饰基团的DNA片段称为冷探针。
在探针与蛋白质混合液中加入大量冷探针，冷探针含有和探针相同的DNA序列，会干扰探针与蛋白的结合。在电泳图的相应位置处，电泳带的的信号减弱或消失。
探针和蛋白的结合未必是特异性结合，或者蛋白本身可能含有生物素，二者均能产生假阳性的实验结果。增加一个冷探针的干扰实验，可以排除假阳性结果，增加实验结果的准确性。

超迁移EMSA

超迁移EMSA利用到了与待检测的目的蛋白特异性结合的抗体。
如果蛋白质溶液不是单一的纯化蛋白，无论是验证型EMSA，还是竞争型EMSA，都无法证明和探针结合的蛋白质就是我们所预期的。在实验体系中引入特异性抗体，用抗体特异性地结合蛋白-探针复合物，这就是超迁移EMSA。
蛋白-探针复合物被抗体识别并结合，该三聚复合物在凝胶电泳中，迁移速率再次增大，电泳带出现在蛋白-探针复合物的上方。
超迁移EMSA是以竞争型EMSA为基础的实验方案。超迁移EMSA的实验结果可以很好的验证探针是否和蛋白结合，是否是特异性结合，与探针结合的蛋白是否是预期的蛋白质。

EMSA凝胶迁移实验操作视频演示

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