EMSA的原理图很简单，但是在实际的过程中，一个经典的EMSA实验，需要做非常多组的对照，以证明目的蛋白与目的基因的结合是特异性的。

第1组阴性对照反应：仅用标记探针跑电泳。理论上探针的位置应该位于最下方；
第2组常规反应：目的蛋白＋标记探针。验证目的蛋白是否和探针结合。
第3组探针冷竞争反应：目的蛋白＋标记探针＋标记探针100倍量的未标记探针。先用未标记的探针去和蛋白孵育，通常探针都是过量的，理论上目的蛋白全部会与未标记探针结合，能多下来的蛋白，肯定就是不能跟这段探针序列结合了。其它蛋白再加入标记的探针，就没有目的蛋白可以与之结合了，而这一组探针的冷竞争反应的对照就是说明，这段探针序列是跟目的蛋白特异结合的，而不是说能跟任何蛋白结合。
第4组突变探针的冷竞争反应：目的蛋白＋标记探针＋标记探针100倍量的未标记突变探针。按照假设目的蛋白和探针序列相结合，突变的探针应该不能和目的转录因子结合，同样也说明结合是特异性的，而不是说随便一段探针就能够与目的蛋白结合。
第5组Super-shift反应：目的蛋白＋标记探针＋目的蛋白的特异抗体。目的蛋白和抗体结合后，因为其形成的复合物分子量更大了，在电泳中迁移速率下降，就会有super-shift。如果没有，说明是其他的蛋白和标记探针结合。

文章解读：

文献：MYC2 regulates stomatal density and water use efficiency via targeting EPF2/EPFL4/EPFL9 in poplar

作者开展的是多倍体植物的气孔密度分子机制的研究，他们发现PpnMYC2 促进气孔密度抑制因子 PagEPF2 和 PagEPFL4 的表达，并抑制气孔密度阳性调节因子 PagEPFL9 的表达。通过酵母单杂交系统、ChIP-qPCR和双荧光素酶试以及EMSA验证实了PpnMYC2直接调控PagEPF2、PagEPFL4和PagEPFL9。

第一泳道只含标记探针（probe），电泳中迁移较快，在下边缘显影（free probe）。
第二泳道含probe和标签蛋白GST，仅显示free probe条带，说明GST与probe不结合，排除PpnMYC2-GST中标签蛋白GST对EMSA结果的影响。
第三泳道含probe和PpnMYC2-GST，理论上PpnMYC2与probe存在相互作用，复合物电泳中迁移较慢，会在protein+ probe处出现复合物条带，如图中c、d、e。若PpnMYC2与probe不存在相互作用，显影后仅free probe条带。
第四泳道含probe、PpnMYC2-GST和竞争探针（compititor），若PpnMYC2与probe存在相互作用，会形成互作复合物，但compititor与probe竞争结合PpnMYC2，未显影，说明PpnMYC2与探针特异性结合。
综上所示，PpnMYC2与PagEPF2、PagEPFL4、PagEPFL9存在特异性互作。

 

 

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