1.EMSA的原理是什么？(服务请咨询）

  EMSA全称是Electrophoretic Mobility Shift Assay，中文叫凝胶迁移实验或电泳迁移率实验，它是一种研究DNA与蛋白质或RNA与蛋白质相互作用的常用技术，可用于定性和定量分析。

  这项技术是基于DNA/蛋白质或RNA/蛋白质复合物在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中有不同迁移率的原理。首先让蛋白质与末端标记的核酸探针结合，然后在跑PAGE胶，结合了蛋白质的复合物比未结合蛋白质的探针电泳的速度要慢，这样，从PAGE胶的电泳结果就可以判断，该蛋白是否和特定序列结合或者该序列是否和蛋白结合。

2、EMSA的具体实验过程？EMSA实验怎么做？

EMSA的实验主要分为探针制备、预电泳、电泳、转膜、洗膜、信号检测，详情可以参考EMSA案例

3.EMSA实验为何需要设置许多组对照实验？目的何在？

EMSA实验会有如下对照组：
(1)阴性对照反应(标记探针)；
(2)常规反应(含激活的目的转录因子的核蛋白＋标记探针)；
(3)探针冷竞争反应(含激活的目的转录因子的核蛋白＋标记探针＋标记探针100倍量的未标记探针)；
(4)突变探针的冷竞争反应(含激活的目的转录因子的核蛋白＋标记探针＋标记探针100倍量的未标记突变探针)；
(5)Super-shift反应(含激活的目的转录因子的核蛋白＋标记探针＋目的转录因子的特异抗体)。

每个对照组的目的：
(1)确定探针里面是否有杂质，光有探针，没有其他成分时，探针的位置，应该位于最下方。
(2)这个是看蛋白和探针的结合，是实验目的
(3)看探针结合的特异性。如果冷探针可以竞争结合，阻碍了标记的探针，说明2中的结合是特异的
(4)目的和3相同。突变的冷探针应该对2的结果没有影响
(5)也是判断特异性，这次是看蛋白的特异性，和抗体结合后，就会有super-shift。如果没有，说明是其他的蛋白结合。

4.看不到迁移带怎么办？

（1）标记的DNA探针量太少或者探针有降解
（2）某些蛋白和探针的结合条件比较特殊，需要优化结合体系
（3）蛋白样本提取质量不高，蛋白降解或者提取量不足。
（4）样本中没有可以与探针结合的蛋白。
（5）探针与蛋白无特异性的相互作用。
（6）转膜效率低，蛋白或者探针未转移到膜上。
（7）曝光或者成像时间过短。

5.实验背景为什么高？

（1）蛋白的质量不高，杂质多
（2）转膜时使用了Western Blot使用的工具，没有清洗干净
（3）TBE溶液中有悬浮物
（4）曝光或者成像时间过长。
（5）封闭时间不足或者效率不高。
（6）洗涤效果不佳。
（7）实验过程中膜没有一直处于湿润状态。

6.Western Blot和EMSA有什么不同的意义

Western Blot 只是反应表达分子含量，通过免疫性进行鉴定。
EMSA是蛋白分子与靶序列核酸的结合量，反应的是该分子的生物学活性。 免疫性往往不能反应待测分子的生物学活性。 转录因子EMSA最有说服力。

7.EMSA非放射性探针设计要注意哪些问题？

（1）防止错位配对、封闭成环，排除目标序列以外结合位点的
（2）防止产生空间位阻
（3）注意AT/GC比例
（4）EMSA探针不宜太长，一般是几十碱基对。太长会产生过多结合位点导致结果分析困难，还会产生超级螺旋结构而掩盖结合部位。
（5）建议采用Biotin或红外荧光标记，尽量不要采用DIG标记。，探针两端都有标记以提高灵敏度

8.EMSA主要应用于哪里？

胶迁移或电泳迁移率检测（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）是一种检测蛋白质和DNA序列相互结合的技术，可用于定性和定量分析；目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用，是转录因子研究的经典方法。

9.EMSA同DNA pull-down、ChIP的区别？

EMSA是用特定序列的标记探针，同待验证蛋白孵育后进行native-PAGE凝胶电泳，如果存在同探针结合的蛋白，则会出现电泳迁移率明显低于自由探针的条带出现。
DNA pull-down是将探针结合在凝胶/磁珠上，以此收集同该DNA探针发生互作的蛋白。ChIP实验中所检测的DNA-蛋白互作则发生在活组织细胞内。

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