本文重点介绍了植物组织DNA浓度与纯度快速检测的方法,即紫外吸收光谱法和琼脂糖凝胶电泳法。包括这两种方法的原理、实验材料、实验步骤,以及注意事项。
1.紫外吸收光谱法
1.1.原理
DNA在260 nm处有一个明显的吸收峰。若吸收峰出现偏差,则说明样品有RNA或其他非核酸类杂质。对于较纯的样品,对于较纯的样品,还可以通过260nm处的吸光度估测样品的浓度。
1.2.仪器设备
紫外分光光度计,配石英比色杯,光程1cm。
1.3.实验试剂
TE缓冲液。
1.4.实验步骤
(1).取溶于TE缓冲液的DNA样品分别于260nm和280nm比色,测定吸光度,分别以A260和A280表示。正常值应为A260/A280=1.8±0.1。若存在偏差,则说明样品中有RNA或其他杂质。
(2).于200-300nm范围内扫描样品的紫外吸收光谱。DNA应在260nm处有一明显的吸收峰。
(3).在1cm光程下,较纯的DNA可根据A260的值来估测浓度:
1.0 A260=50μg·mL-1 DNA
2.DNA样品的琼脂糖凝胶电泳快速测定
2.1.原理
琼脂糖凝胶可以构成一个直径从50-200nm的三维筛孔通道,可分离1-25kb范围内的DNA片段。在水平电场中,低电压时,DNA片段的迁移率与所用的电压成正比。DNA样品可通过嗅化乙锭(EB)染色,在紫外灯下直接观察到荧光。。
2.2.仪器设备
(1).电泳设备一套:包括电源、水平电泳槽和梳子。 (2).胶带
(3).恒温水浴或微波炉。 (4).20μL加样枪或毛细滴管
(5).三角瓶
2.3.试剂
(1).电泳缓冲液:常用1×TAE或0.5×TBE。一般配制5×或10×储存液,实验时稀释。
(2).嗅化乙锭(EB)贮存液:10mg·mL-1,室温避光保存。
(3).琼脂糖溶胶:琼脂糖溶胶的体积以倒入水平电泳槽3-5mm厚为宜。确定胶浓度和体积后,称取足量琼脂糖干粉,加到盛有定好量的电泳缓冲液的三角瓶中,加盖(不要盖紧),置沸水浴中加热到琼脂糖熔化,转移至55℃水浴。待温度平衡后,加入EB,使后者终浓度为0.5μg·mL-1。轻轻旋转混匀溶胶,置55℃水浴保温备用。
(4).样品缓冲液:使用何种样品缓冲液依个人习惯。
(5).DNA标准样品(用于测定DNA相对分子质量):根据所分离DNA分子的大小,可选购高分子质量标准(1-20kb)或低分子质量标准(100-1000bp)。按说明书用样品缓冲液稀释后使用。
2.4.方法步骤
(1).清洗电泳槽,用胶带将电泳槽模具开放的两边封起。
(2).将55℃的琼脂糖凝胶倒入电泳槽,至胶厚度为3-5mm,插上梳子。注意胶内及梳齿间不能出现气泡。
(3).待胶凝固后,加少量电泳缓冲液与凝胶顶部,小心拔出梳子,倒出电泳缓冲液,撕去封边胶带,将凝胶安放到电泳槽内。
(4).向电泳槽内加入电泳缓冲液,淹没凝胶约1mm。
(5).混合DNA样品和0.2×体积样品缓冲液。
(6).点样。分子质量标准样应在样品孔的左右两侧各点一个。
(7).盖上电泳槽盖,施加1-5V/cm电压进行电泳(其中距离以阳极至阴极之间的测量为准)。电泳至溴酚蓝迁移到适当距离即可用紫外灯进行检测。
2.5.注意事项
(1).EB是较强的诱变剂,在配制、使用过程中不要接触皮肤。含EB的胶、缓冲液等用后应单独贮存,不可随意倾倒、丢弃。
(2).点样量:应根据DNA样品浓度和样品孔的容积确定。一般宽度为5mm的DNA条带用EB染色后的最小检出量为2ng。如单孔DNA上样量超过500ng则会出现过载现象,造成条带拖尾、模糊不清。上样体积也不宜过大,应避免从加样孔溢出污染邻孔样品。
(3).电泳时间:电泳过程中可以随时关闭电源用紫外灯检测DNA条带是否分开。达到实验要求后即可停止电泳,不必等待指示剂迁移至凝胶边缘。快速检测时,可将电压适当提高,将电泳时间控制在30min以内,但高电压对大片段DN的分离效果不好。
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