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本文列举了微生物菌群多样性分析实验(PCR-DGGE)中常见的引物系列以及DGGE引物的相关数据,包括细菌、放线菌、古菌、真菌。供大家参考。
1.细菌
名称 | 序列5'→3' | 长度/bp | MW | Tm/ºC | RDP匹配情况—非特异 |
---|---|---|---|---|---|
8F | AGAGTTTGATCATGGCTCAG AGAGTTTGATCCTGGCTCAG AGAGTTTGATCMTGGCTCAG |
20 20 20 |
6125 | 57.8 | 21114/690149 112729/706103 147961/836814 |
27F 27FM |
AGTTTGATCATGGCTCAG AGTTTGATCCTGGCTCAG AGTTTGATCMTGGCTCAG |
18 18 18 |
5485 | 55.02 | 27693/690149 139957/836814 167795/836814 |
50F | AACACATGCAAGTCGAACG ACACATGCAAGTCGAACG AACACATGCAAGTCGAAC ACACATGCAAGTCGAAC |
19 18 18 17 |
125623/690149 148982/706103 25951/690149 145627/690149 |
||
338F | ACTCCTACGGGAGGCAGC | 18 | 482403/706103 | ||
341F | CCTACGGGAGGCAGCAG | 17 | 5239 | 54 | 561521/836814 |
357F | CTCCTACGGGAGGCAGCAG | 19 | 481725/706103 | ||
517F | GCCAGCAGCCGCGGTAA CAGCAGCCGCGGTAATAC ACTCCTACGGGAGGCAGCAG |
17 18 20 |
5200 | 54 | 499021/706103 460959/706103 480068/706103 |
968F | AACGCGAAGAACCTTAC | 17 | 227055/706103 | ||
1055F | ATGGCTGTCGTCAGCT | 16 | 198160/706103 | ||
341R | CTGCTGCCTCCCGTAGG | 17 | 5164 | 54 | 561521/836814 |
513R | CGCGGCTGCTGGCACGTA | 18 | 245632/706103 | ||
517R | TTACCGCGGCTGCTGGC | 17 | 54 | 585412/836814 | |
518R | ATTACCGCGGCTGCTGG | 17 | 545228/836814 | ||
519R | GTATTACCGCGGCTGCTG | 18 | 53 | 541216/836814 | |
1066R | ACATTTCACAACACGAGCTG | 20 | 21273/706103 γ-Proteobacteria特异性 |
||
1330R | TAGCGATTCCGACTTCA | 17 | 89082/706103 | ||
1385R | CGGTGTGTACAAGACCC | 17 | 46267/706103 | ||
1392R | ACGGGCGGTGTGTAC | 15 | 4632 | 56.3 | 196284/690149 |
1401R | CGGTGTGTACAAGACCC | 17 | 46267/706103 | ||
1492R | ACGGATACCTTGTTACGACTT GTTACCTTGTTACGACTT GCTACCTTGTTACGACTT GHTACCTTGTTACGACTT |
18 18 |
5435 | 50.5 | 30582/706103 52362/706103 |
1495R | CTACGGCTACCTTGTTACGA | 20 | 6045 | 57.8 | 10129/690149 |
1513R | TACGGTTACCTTGTTACGACTT CGGTTACCTTGTTACGACTT TACGGTTACCTTGTTACG ACGGTTACCTTGTTACGA CGGTTACCTTGTTACGAC GGTTACCTTGTTACGACT GTTACCTTGTTACGACTT TTACCTTGTTACGACTT GTTACCTTGTTACGACT |
22 20 18 18 18 18 18 17 17 |
10033/690149 13181/706103 10268/706103 12207/706103 13266/706103 29502/706103 30582/706103 34392/706103 30687/706103 |
||
1521R | AAGGAGGTGATCCAGCC | 17 | 5225 | 57.0 | 13792/706103 |
2.放线菌
名称 | 序列5'→3' | 长度/bp | MW | Tm/ºC | RDP匹配情况—非特异 |
---|---|---|---|---|---|
Act243F | GGATGAGCCCGCGGCCTA | 18 | 8519/706103-115 | ||
341F | CCTACGGGAGGCAGCAG | 17 | 51252/66797 | ||
357F | CTCCTACGGGAGGCAGCAG | 19 | 41992/54945- 439732 | ||
Act513R | CCGCGGCTGCTGGCACGTA | 19 | 39303/54945-206008 | ||
Act704R | TCTGCGCATTTCACCGCTAC | 20 | 23525/54945-5812 |
3.古菌
名称 | 序列5'→3' | 长度/bp | MW | Tm/ºC | RDP匹配情况—非特异 |
---|---|---|---|---|---|
A21F | TTCCGGTTGATCCTGCCGGA | 20 | 2899/34593-1 | ||
A21F-2 | CCGGTTGATCCTGCCGGA | 18 | 4227/34593-1 | ||
A21F-3 | CGGTTGATCCTGCCGGA | 17 | 4316/34593-1 | ||
A25F | CTGGTTGATCCTGCCAG | 17 | 976/34593-0 | ||
A109F | ACCGCTCAGTAACACGT ACTGCTCAGTAACACGT ACTGCTCAGTAACACG CTGCTCAGTAACACGT CTGCTCAGTAACACG |
17 17 16 16 15 |
446/33890 4192/33890 4371/33890 4227/33890 4406/33890 |
||
A112F | GCTCAGTAACACGTGG | 16 | 9898/34593 -6 | ||
A333F | TCCAGGCCCTACGGGG | 16 | 9024/34593-1 | ||
A533F | TGCCAGCCGCCGCGGTAA | 18 | 15551/34593-2176 | ||
A856F | TAAAAGGAATTGGCGGGGGA | 20 | 34/34593-0 | ||
A934R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT GTGCTCCCCCGCCAATTCC TGCTCCCCCGCCAATTCCT GCTCCCCCGCCAATTCCT GTGCTCCCCCGCCAATTC |
20 19 19 18 18 |
17658/34593-15 17758/34593-15 19404/34593-15 19591/34593-19 17815/34593-15 |
||
A1354R | TGACGGGCGGTGTGTGCAAG | 20 | 2709/34593-21793 |
4.真菌
名称 | 序列5'→3' | 长度/bp | MW | Tm/ºC | RDP匹配情况—非特异 |
---|---|---|---|---|---|
NS1F | GTAGTCATATGCTTGTCTC (19~38) CCAGTAGTCATATGCTTGTC (17~36) |
19 20 |
47 | 8973/279,862 8048 |
|
NS2R | GGCTGCTGGCACCAGACTTG (反向,与NS3 互补) | 20 | 58 | 34765/279,862 | |
NS3F | CAAGTCTGGTGCCAGCAGCC (554~573) | 20 | 58 | 2656 | |
NS4R | CTTCCGTCAATTCCTTTAAG (反向,与NS5互补) | 20 | 48 | ||
NS5F | CTTAAAGGAATTGACGGAAG (1131~1150) | 20 | 48 | ||
NS6R | GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC (反向,与NS7互补) CAGACCTGTTATTGCCTC |
24 18 |
57 48 |
||
NS7F | GAGGCAATAACAGGTCTG ATAACAGGTCTGTGATGC GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC (1412~1436) |
18 18 24 |
48 46 57 |
17364 | |
NS8R | TCCGCAGGTTCACCTACGGA (1769~1788) GCAGGTTCACCTACGGA |
20 17 |
56 49 |
4324 | |
EF4F | GGAAGGGRTGTATTTATTAG GGAAGGGATGTATTTATTAG GGAAGGGGTGTATTTATTAG |
20 20 20 |
2656 3036 |
||
fung5R | GTAAAAGTCCTGGTTCC | 17 | 3257 | ||
EF3R | TCCTCTAAATGACCAAGTTTG | 21 | |||
fung | ATTCCCCGTTACCCGTTG | 18 | |||
FF1 | AACTTAAAGGAATTGACGGAAG | 22 | |||
FR1 | GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC | 24 | |||
ITS1F | TCCGTAGGTGAACCTGCGG | 19 | |||
ITS4R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | 20 | |||
GC clamp | CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGGCCCGCCGCCCCCGCCCC CGCCCGCCGCGCGCGGCGGGCGGGGCGGGGGCACGGGGGG |
40 40 40 |
Muzyer |
MW=A碱基数×312+C碱基数×288+G碱基数×328+T碱基数×303-61。
R=A/G,Y=C/T,M=A/C,K=G/T,S=C/G,W=A/T,H=A/C/T,B=C/G/T,V=A/C/G,D=A / G / T,N=A/C/G / T。
古菌域包括嗜泉古菌界(Crenarchaeota)、广域古菌界(Euryarchaeota)和初生古菌界(Korarchaeota);细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物;真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物。
5.18S rRNA
名称 | 引物序列 | Tm |
---|---|---|
NS1 | GTAGTCATATGCTTGTCTC | 49 |
CNS1 | GAGACAAGCATATGACTACTG | 55 |
NS2 | GGCTGCTGGCACCAGACTTGC | 65 |
NS3 | GCAAGTCTGGTGCCAGCAGCC | 65 |
NS4 | CTTCCGTCAATTCCTTTAAG | {62} |
NS5 | AACTTAAAGGAATTGACGGAAG | 55 |
NS6 | GCATCACAGACCTGTTATTGCCTC | {72} |
NS7 | GAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC | {72} |
NS8 | TCCGCAGGTTCACCTACGGA | 59 |
TW9 | TAAGCCATGCATGTCT | |
TW10 | GCGGTAATTCCAGCTCC | |
TW11 | GGAGTGGAGCCTGCGGCT | |
TW12 | AAGTCGTAACAAGGTTT | 53 |
CTW12 | AAACCTTGTTACGACTT | 53 |
NS17 | CATGTCTAAGTTTAAGCAA | 55 |
NS18 | CTCATTCCAATTACAAGACC | 60 |
NS19 | CCGGAGAAGGAGCCTGAGAAAC | 74 |
NS20 | CGTCCCTATTAATCATTACG | 61 |
NS21 | GAATAATAGAATAGGACG | 50 |
NS22 | AATTAAGCAGACAAATCACT | 57 |
NS23 | GACTCAACACGGGAAACTC | 64 |
NS24 | AAACCTTGTTACGACTTTTA | 58 |
NS25 | GTGGTAATTCTAGAGCTAATACT | |
CNS25 | ATGTATTAGCTCTAGAATTACCAC | |
NS26 | CTGCCCTATCAACTTTCGA | |
CNS26 | TCGAAAGTTGATAGGGCAG | |
NS1.5R | TCTAGAGCTAATACATGC(T/C)G | 52 |
NS2.8R | GGCCCTCAAATCTAAGGATT | 53 |
CNS2.8R | AATTTGCGCGCCTGCTGCAA | 57 |
NS3.2R | CGTATATTAAAATTGTTGAC | 45 |
CNS3.3R | GACTACGAGCTTTTTAACGT | 51 |
CNS3.5R | TTTCGCAGTAGTTTGTCTTA | 49 |
NS3.6R | CAAACTACTGCGAAAGCATC | 53 |
CNS3.6R | AATGAAGTCATCCTTGGCAG | 53 |
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