DNA pull-down以感兴趣的DNA序列为中心，寻找与该序列结合的蛋白质，最常见的应用是寻找某特定基因启动子区域的转录因子。
钟鼎生物自建立起DNA pull down技术服务平台以来，累计完成上百例项目。我们可为您提供1对1实验思路设计，配套质谱检测、生信分析让您拥有一站式服务体验，酵母单杂交、EMSA等上下游实验为文章数据添砖加瓦。
先将含脱硫生物素的DNA pull down探针结合到链霉亲和素Beads上，再将DNA-Beads和细胞裂解液孵育，这样DNA结合蛋白便一起吸附在Beads上。洗涤掉未结合的蛋白后，再用洗脱液将DNA结合蛋白从Beads洗脱下来，得到DNA pull down产物。DNA-protein复合物既可以做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合，又可以做质谱鉴定筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息（如具体某个或某些转录因子/组蛋白等）。
| DNA Pull down 检测服务 | ||||
|---|---|---|---|---|
| 服务项目 | 服务内容 | 周期 | 交付内容 | 价格 |
| DNA pull down 探针 | 全长探针 | 2周 |
WB 检测结果； 检测质谱图； 实验报告 |
询价 400-066-8086 |
| DNA pull down | 全长探针 | 2周 | ||
| Western blot | 验证靶蛋白类型 | 1周 | ||
| LC-MS | 实验组、阴性对照 | 2周 | ||
建议选择顺丰快递，干冰运输，以避免样本降解。为保证样品及时处理，请避免样品在周末或法定节假日到达实验室。请在送样前与您的客户经理沟通样品送达时间。实验样品剩余样品钟鼎生物默认不做返还，请您注意保留备份。如需返还务必请在实验开展前书面说明并通知销售经理，且样品返还可能会产生额外的运输费用。希望得到您的理解！
| 样品类型 | 样品量 | 运输标准 | 注意事项 |
|---|---|---|---|
| 细胞样品 | 5*107个/份 | 干冰运输 | 悬浮细胞常温离心（1000-1500 rpm，5 min），常温离心收集细胞。贴壁细胞用胰蛋白酶消化后，吹打收集，PBS洗涤细胞，去除多余培养基和胰蛋白酶。开盖液氮速冻15 min，-80℃保存。 |
| 组织样品 | ＞2g | 干冰运输 | 用解剖刀等迅速切成小碎块，约200 mg，放入2.0 ml离心管中，开盖液氮速冻15 min，-80℃保存。
注：解剖刀处理组织的时间尽量控制在1min以内。 液氮速冻是必须开盖，以防炸裂。 |
| 核蛋白 | >0.5mg/ml | 干冰运输 | 核蛋白最少需要总量300ug，如果客户想做更多实验组，根据每组100ug往上加量 |
1 标记探针电泳分析
标记后PCR产物进行1%琼脂糖凝胶电泳分析，探针成功标记后分子量增加，电泳条带滞后。结果如下所示：
图1. 探针电泳检测
Fig.1 Evaluation of PCR-labeled probes by electrophoresis
Lane M：DL2000 Plus DNA Marker
（从上到下：2000，1000，750，500，250，100）
Lane 1：Biotin-11-dUTP标记的探针
Lane 2：对照的DNA探针
2 SDS-PAGE检测分析
图2. SDS-PAGE检测分析图
Fig.2 SDS-PAGE detection analysis
Lane M: Protein Marker
Lane 1: 探针+Bioeast Mag-SA
Lane 2: Biotin-11-dUTP标记的探针+Bioeast Mag-SA
Lane 3: 探针+Bioeast Mag-SA+核蛋白
Lane 4: Biotin-11-dUTP标记的探针+Bioeast Mag-SA+核蛋白
Lane 5: Bioeast Mag-SA+核蛋白
通过SDS-PAGE银染结果检测，发现Biotin-11-dUTP标记的探针与核蛋白有明显互作，如需要进一步确认，建议进行后续的LC-MS鉴定。
3.生信分析
图4 GO功能注释和分类
图5 KEGG Pathway通路注释和分类
图6 String蛋白质互作网络分析
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