DNA Pull down检测服务

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服务概述

DNA pull-down以感兴趣的DNA序列为中心,寻找与该序列结合的蛋白质,最常见的应用是寻找某特定基因启动子区域的转录因子。
      钟鼎生物自建立起DNA pull down技术服务平台以来,累计完成数十例项目。我们可为您提供1对1实验思路设计,配套质谱检测、生信分析让您拥有一站式服务体验,酵母单杂交、EMSA等上下游实验为文章数据添砖加瓦。

DNA Pull down技术原理

先将含脱硫生物素的DNA pull down探针结合到链霉亲和素Beads上,再将DNA-Beads和细胞裂解液孵育,这样DNA结合蛋白便一起吸附在Beads上。洗涤掉未结合的蛋白后,再用洗脱液将DNA结合蛋白从Beads洗脱下来,得到DNA pull down产物。DNA-protein复合物既可以做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合,又可以做质谱鉴定筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息(如具体某个或某些转录因子/组蛋白等)。



DNA Pull down原理

DNA Pull down技术路线

DNA Pull down技术路线

DNA Pull down服务介绍

DNA Pull down 检测服务
服务项目 服务内容 周期 交付内容 价格
DNA pull down 探针 全长探针 2周 WB 检测结果;
检测质谱图;
实验报告
询价
在线QQ技术支持2
DNA pull down 全长探针 2周
Western blot 验证靶蛋白类型 1周
LC-MS 实验组、阴性对照 2周

DNA Pull down检测服务样品要求

建议选择顺丰快递,干冰运输,以避免样本降解。为保证样品及时处理,请避免样品在周末或法定节假日到达实验室。请在送样前与您的客户经理沟通样品送达时间。实验样品剩余样品钟鼎生物默认不做返还,请您注意保留备份。如需返还务必请在实验开展前书面说明并通知销售经理,且样品返还可能会产生额外的运输费用。希望得到您的理解!

样品类型 样品量 运输标准 注意事项
细胞样品 5*107个/份 干冰运输 悬浮细胞常温离心(1000-1500 rpm,5 min),常温离心收集细胞。贴壁细胞用胰蛋白酶消化后,吹打收集,PBS洗涤细胞,去除多余培养基和胰蛋白酶。开盖液氮速冻15 min,-80℃保存。
组织样品 >2g 干冰运输 用解剖刀等迅速切成小碎块,约200 mg,放入2.0 ml离心管中,开盖液氮速冻15 min,-80℃保存。
注:解剖刀处理组织的时间尽量控制在1min以内。
液氮速冻是必须开盖,以防炸裂。
核蛋白 >0.5mg/ml 干冰运输 核蛋白最少需要总量300ug,如果客户想做更多实验组,根据每组100ug往上加量

案例展示

1 标记探针电泳分析

标记后PCR产物进行1%琼脂糖凝胶电泳分析,探针成功标记后分子量增加,电泳条带滞后。结果如下所示:

探针电泳检测

图1. 探针电泳检测
Fig.1 Evaluation of PCR-labeled probes by electrophoresis
Lane M:DL2000 Plus DNA Marker
(从上到下:2000,1000,750,500,250,100)
Lane 1:Biotin-11-dUTP标记的探针
Lane 2:对照的DNA探针

2 SDS-PAGE检测分析

SDS-PAGE检测

图2. SDS-PAGE检测分析图
Fig.2 SDS-PAGE detection analysis
Lane M: Protein Marker
Lane 1: 探针+Bioeast Mag-SA
Lane 2: Biotin-11-dUTP标记的探针+Bioeast Mag-SA
Lane 3: 探针+Bioeast Mag-SA+核蛋白
Lane 4: Biotin-11-dUTP标记的探针+Bioeast Mag-SA+核蛋白
Lane 5: Bioeast Mag-SA+核蛋白


通过SDS-PAGE银染结果检测,发现Biotin-11-dUTP标记的探针与核蛋白有明显互作,如需要进一步确认,建议进行后续的LC-MS鉴定。

3.生信分析

GO功能注释和分类

图4 GO功能注释和分类

KEGG Pathway通路注释和分类

图5 KEGG Pathway通路注释和分类

String蛋白质互作网络分析

图6 String蛋白质互作网络分析

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