所有的实验都存在失败的风险,钟鼎生物会根据转录因子蛋白表达成功率、转录因子蛋白亚细胞定位分析、DNA结合蛋白结构域、DNA结合位点分析、基因组数据库完整性分析、转录因子数据参考等方面综合推算出项目的成功率预测分值。
①得分低于60,属于超级难度项目,失败风险概率较大,可做探索性尝试.
②得分60~80,属于正常难度项目,可控风险,大概率获得明确的靶标DNA结合位点.
③得分80以上,属于简易项目,建议开展项目,尽快获得所需数据.
下面我们结合一个案例来看一下DAP-seq的项目可行性分析。
1.转录因子物种序列信息
略。
2.转录因子蛋白跨膜结构分析
蛋白跨膜结构分析结果小结:
经分析,蛋白无跨膜结构,预测分布于胞外区。
3.转录因子蛋白亲疏水性分析
亲疏水性分析结果小结:
蛋白一级结构中,亲水性氨基酸与疏水性氨基酸均匀分布,蛋白整体呈现亲水性质。
4.转录因子蛋白表达定位预测
表达定位分析结果小结:
预测该蛋白定位于--细胞核。
5.转录因子蛋白结构域分析
通过蛋白序列再数据库中的比对,利用隐马尔可夫模型(HMM)分析蛋白结构域,该转录因子序列可以在pFam蛋白家族数据库中匹配到以下结构域。
5.1.典型匹配的结构域
5.2.非典型匹配的结构域
转录因子蛋白结构域分析结果小结:
该蛋白存在常见的转录因子结构域,该转录因子结构域存在文献报道。
6.转录因子蛋白DNA结合分析
转录因子蛋白DNA结合分析结果小结:
该蛋白序列中存在明显的DNA结合位点,结合位点如上图所示。
影响因素 | 分值 |
---|---|
TF蛋白亚细胞定位 | 90 |
基因组数据库完整性 | 95 |
DNA结合位点分析 | 60 |
转录因子数据库参考 | 85 |
DNA结合蛋白结构域 | 75 |
TF蛋白表达成功率 | 90 |
项目成功率预测:82.5%
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