DAP-seq项目可行性分析

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所有的实验都存在失败的风险,钟鼎生物会根据转录因子蛋白表达成功率、转录因子蛋白亚细胞定位分析、DNA结合蛋白结构域、DNA结合位点分析、基因组数据库完整性分析、转录因子数据参考等方面综合推算出项目的成功率预测分值。

①得分低于60,属于超级难度项目,失败风险概率较大,可做探索性尝试.
②得分60~80,属于正常难度项目,可控风险,大概率获得明确的靶标DNA结合位点.
③得分80以上,属于简易项目,建议开展项目,尽快获得所需数据.

下面我们结合一个案例来看一下DAP-seq的项目可行性分析。

1.转录因子物种序列信息

略。

2.转录因子蛋白跨膜结构分析

转录因子蛋白跨膜结构分析

蛋白跨膜结构分析结果小结:

经分析,蛋白无跨膜结构,预测分布于胞外区。

3.转录因子蛋白亲疏水性分析

转录因子蛋白亲疏水性分析

亲疏水性分析结果小结:

蛋白一级结构中,亲水性氨基酸与疏水性氨基酸均匀分布,蛋白整体呈现亲水性质。

4.转录因子蛋白表达定位预测

转录因子蛋白表达定位预测

表达定位分析结果小结:

预测该蛋白定位于--细胞核。

5.转录因子蛋白结构域分析

通过蛋白序列再数据库中的比对,利用隐马尔可夫模型(HMM)分析蛋白结构域,该转录因子序列可以在pFam蛋白家族数据库中匹配到以下结构域。

转录因子蛋白结构域分析

5.1.典型匹配的结构域

典型匹配的结构域

5.2.非典型匹配的结构域

非典型匹配的结构域

转录因子蛋白结构域分析结果小结:

该蛋白存在常见的转录因子结构域,该转录因子结构域存在文献报道。

6.转录因子蛋白DNA结合分析

转录因子蛋白DNA结合分析
转录因子蛋白DNA结合分析

转录因子蛋白DNA结合分析结果小结:

该蛋白序列中存在明显的DNA结合位点,结合位点如上图所示。

影响因素 分值
TF蛋白亚细胞定位 90
基因组数据库完整性 95
DNA结合位点分析 60
转录因子数据库参考 85
DNA结合蛋白结构域 75
TF蛋白表达成功率 90
转录因子蛋白DNA结合分析

项目成功率预测:82.5%

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