染色质免疫共沉淀（ChIP）优点和局限性及解决办法

染色质免疫共沉淀（ChIP）实验的优点

与传统的研究转录因子和DNA相互作用的方法相比，染色质免疫共沉淀（ChIP）技术是一种在体内研究DNA与蛋白质相互作用的理想方法。染色质免疫共沉淀（ChIP）的优点在于能够在体内捕获转录因子和靶基因的相互作用，能同时快速地提供一种或者多种基因的调控机制，因此有着非常重要的应用价值

染色质免疫共沉淀（ChIP）实验的局限性

染色质免疫共沉淀（ChIP）技术也有一定的局限性：

第一，该技术需要抗目的蛋白或者特殊修饰标签的高度特异性抗体。

第二，假阴性信号可能源于无效的抗体结合或者在交联过程中抗原受到干扰。

第三，甲醛固定可能是暂时的，甚至是非特异的，可能导致相邻的蛋白形成假阳性信号。

针对以上这三点，推荐在交联之后和抗体沉淀之前绘制一条标准曲线，以确定每次实验所需染色质的最佳量，确保材料的起始量相等。当检测的染色质模版（目的抗体的染色质免疫沉淀物）扩增出可检测的条带时，将染色质样品连续稀释以确定关键点；而此时对照（mock ChIPed）染色质模版需要浓缩以扩增出可见的条带。总之，染色质免疫共沉淀（ChIP）的步骤是需要精确的且要求一系列的预实验。

第四，难以同时得到多个蛋白质对同一序列结合的信息等。

反向染色质免疫共沉淀技术 （reverse chromatin immunopre- cipitation assay，Reverse ChIP） 可以弥补这个缺陷，并且能定性、定量地准确鉴定目的蛋白。Reverse ChIP 是一种在体内状态下分析DNA和蛋白质相互作用的新方法。它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质。蛋白质用质谱仪检测，以确定靶DNA位点全部相关的蛋白质。这种技术可对靶 DNA位点相关蛋白质进行全面、系统地鉴定，特别能找到已知DNA元件相应的调节蛋白。其在发现、鉴定靶DNA位点相关 蛋白质和研究DNA和蛋白质相互作用方面有重要的应用价值。

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